整个沼液施肥机系统分成五个部分:水处理系统；肥水转运与储存系统；配肥系统；施肥控制系统；浇灌控制系统。

在有机循环生产过程中，全自动的智能水肥一体机处于重要地位，是项目成败的关键。与传统的水肥一体化不同的是，本项目配套的水肥一体化需要做特殊设计，能够在有机肥料的基础上，补充有机肥料缺乏的元素，平衡营养元素之间的关系，提供作物所需要的种植肥料。

因为沼液液体有机肥料的特殊性，本项目配套的过滤系统，应该包括砂石过滤、碟片过滤、离心过滤、紫外消毒、活性氯元素灭菌几大功能，方才可以将畜牧产生的肥水，应用到水肥一体化系统中去。而微量元素需要从滴灌系统传输，而有机肥水容易发生堵塞，因此需要把微量元素的滴灌系统和有机肥水系统分开。

沼液运输到场地，灌入沼液过滤前池，过滤前池中，使用微孔隔筛进行过滤，过滤完成的清液，进入配肥系统进行配肥处理，而残渣则使用污水泵抽出，晒干作为底肥，或者稀释进入防风带沟槽，作为防风林的肥料。

从沼液前池中抽离出来的沼液,通过妙石过滤器(吸附),叠片过滤,进入配肥罐,每天晚上配置100方的肥水,供第二天灌溉系统使用。

沼液的成分复杂,需要定期检查土壤成份、沼液成份,制定微量元素的补充方案,施肥机按既定方案,进行配肥,然后通过现有配肥管网,进入到各个温室中进行浇灌。另外沼液的PH不是特别稳定,可能会偏碱,系统提供调酸功能,把酸调节到规定目标,避免灌溉破坏土壤PH,造成烧苗现象。

肥水浇灌完毕,需要几分钟灌溉净水进行管道冲洗。